Krebsforschung Hypomethylierte LINE als Diagnostiktool
Mit einem hochspezifischen multiplex PCR-Test kann mit hoher Spezifität zwischen dem Plasma gesunder Personen und dem von Krebs Patient:innen unterschieden werden.
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Etwa ein Drittel des menschlichen Genoms besteht aus Retrotransposons. Eine Hypomethylierung der LINE-1-Elemente ist ein Merkmal vieler Krebsarten und stellt laut Dr. Charlotte Proudhon, Institut Curie, Paris, ein ideales diagnostisches Target dar.1 Sie entwickelte zusammen mit ihrem Team einen auf Multiplex-PCR und Deep-Sequencing basierten Assay, den sie retrospektiv an 506 Plasmaproben – darunter 123 von Probanden und 383 von Patient:innen mit verschiedenen Krebsarten – testete.
Deutlicher Unterschied in der Methylierung
Die Forschenden fanden hypomethylierte LINE-Elemente beim metastasierten Lungenkrebs sowie Aderhautmelanom und sowohl in Proben von metastasiertem als auch nicht-metastasiertem Ovarial-, Magen- und Brustkrebs. Das Methylierungsmuster der LINE-1-Elemente unterschied sich dabei sehr gut zwischen gesunden und Tumorproben.
Die Kolleg:innen validierten dieses Ergebnis anhand von 246 Plasmaproben einer weiteren Kohorte, einschließlich Personen mit metastasiertem Brust-, Kolorektal-, Magen- und Lungenkarzinom sowie nicht-metastasiertem Ovarialkarzinom. Die Methylierungsmuster beider Kohorten ähnelten sich sehr.
Sensitivität und Spezifität des Tests gut bis sehr gut
Über alle Krebsarten hinweg hatte der Test eine Sensitivität von 67–98 % und eine Spezifität von 99 %. Auch nicht-metastasierte Tumoren wurden sehr gut erkannt, insbesondere das nicht-metastasierte Ovarialkarzinom (Spezifität: 99 %) und der nicht-metastasierte Brustkrebs (Spezifität: 98 %). Als Nächstes wollen die Forschenden u.a. den Assay optimieren und standardisieren sowie das quantitative Potenzial der Methode evaluieren.
Nach Ansicht von Prof. Dr. David S. P. Tan, Cancer Science Institute of Singapur, ist die Definition einer krebsspezifischen Methylierungsschwelle notwendig, um diesen Test für das Screening einsetzen zu können.2 Er betonte, dass noch mehr Plasmaproben von Patient:innen mit frühen Tumoren getestet werden sollten, um einen größeren Datensatz zu bekommen.
Quellen:
1. Proudhon C et al. MAP Oncology Congress 2022; Abstract 5MO
2. Tan DSP et al. MAP Oncology Congress 2022; Invited Discussant 5MO
Molecular Analysis for Precision Oncology Congress 2022
