Für Betriebsärzte bedeuten Impfungen einen großen Aufwand: Sie müssen die Leistung mit jeder Krankenkasse einzeln abrechnen, sofern nicht der Arbeitgeber zahlt. Seit 2019 existieren jedoch erste Selektivverträge zwischen der Deutschen Gesellschaft für Arbeitsmedizin und Umweltmedizin (DGAUM) und den Krankenkassen Barmer und Bahn BKK. Um die Abrechnung zu vereinfachen, hat die DGAUM eine Software entwickelt, mit der Ärzte die Impfleistung, die ärztliche Leistung und die Impfstoffkosten erfassen. Ein externer Dienstleister übernimmt die Abrechnung mit allen Krankenkassen - allerdings gegen eine Gebühr, die von der Vergütung der Impfung abgezogen wird.

Für Versicherte der Krankenkassen Barmer und Bahn BKK erhält der Arzt einen Pauschalbetrag pro Impfung. Für alle übrigen Patienten erfolgt die Abrechnung nach GOÄ. In diesem Fall muss der Patient die Kosten für seine Impfung bei der zentralen Abrechnungsstelle begleichen und bekommt diese von seiner Krankenkassen zurückerstattet.

Teilnahmeberechtigt sind Fachärzte für Arbeitsmedizin, Fachärzte mit der Zusatzbezeichnung Betriebsmedizin und Fachärzte mit Impfbefähigung, die nicht an der vertragsärztlichen Versorgung teilnehmen, aber Impfleistungen im Betrieb erbringen. Um das Abrechnungssystem nutzen zu können, müssen Ärzte sich in die Selektivverträge der DGAUM einschreiben.